Během výkopových prací v těsné blízkosti barokního kostela sv. Jana Nepomuckého v Nepomuku byly v roce 2020 objeveny zbytky dvou zdí. První zeď, blíže k silnici, je široká 50 cm a nepochybně je zbytkem ohradní zdi kostela, neboť je přesně souběžná s průčelím současného kostela a její podoba je zachycena na staré kresbě z poloviny 19. století. Druhá, něco málo přes metr široká, by mohla být zbytkem zdi domnělého rodného domku. Z ní bylo během prací odebráno pět drobných kamenů.
Nyní byly dva z těchto kamenů sochařem Lukášem Řezníčkem z obce Prádlo zasazeny do černé žuly ve tvaru kříže a ozdobeny paprsky, které na starých rytinách a malbách symbolizují zázračný rodný domek světce. V neděli 18. srpna byly kameny požehnány nepomuckým farářem P. Jiřím Špiříkem v kostele na Zelené Hoře během poutní mše k Panně Marii Zelenohorské, která je úzce spojena s životem i osudy světce. Obě desky putují 22. srpna do Brazílie, do města Nepomuceno (Nepomuk) a São João Nepomuceno (Svatý Jan Nepomucký), které je od roku 2016 partnerským městem českého Nepomuka. Slavnostně budou předány na přednáškách nazvaných Nepomuk – město pod hvězdami, které v obou městech proběhnou 23., respektive 24. srpna 2024 za osobní účasti autora tohoto textu.
Nejstarší zprávy o rodném domku máme z roku 1716, kdy 80 let starý Pavel Otčenášek z Nepomuku v rámci výslechu, vedoucího k blahořečení sv. Jana, vypověděl, že před rokem 1640 stával na místě kostela v Nepomuku dům, v němž se – dle pověsti – narodil budoucí sv. Jan Nepomucký. 70letý Martin Havlíček vyprávěl, že posledním nájemcem toho domu byl hrnčíř Jan Jelínek a pekař, jehož jméno neudal, kteří nemohli v tom domě „pokojně bydlet a neměli požehnání božího“. V předsíni domu měl být spatřován na zdi obraz Ukřižovaného Krista, na jehož bok mířil sv. Longin svým kopím a byla zde také postava sv. Jana Evangelisty. Pod nimi byla prý postava klečícího dítěte v náboženské poloze a tím měl být osobně pozdější sv. Jan Nepomucký. Manželka hrnčířova obraz údajně několikrát zabílila, ale vápno z obrazu Krista vždy opadalo. Dům byl později zbořen, ale zeď s obrazem zůstala neporušena. Před tímto obrazem se zastavovala procesí a lid se často modlil. Jak uvádí historik umění Karel Stejskal, starý dům byl patrně původně domem klášterním zdobeným freskami (proto vápno opadávalo), snad i rychtou. Jak víme z historických pramenů, otec světce, Velfín (Wolfgang) byl před rokem 1372 nepomuckým rychtářem. Pocházel pravděpodobně z Bavorska, stejně jako cisterciáčtí mniši, kteří tehdy spravovali celý region. Do jejich gesce spadala rovněž obec Prádlo, ve které se rýžovalo (pralo) zlato, a kde žije nadaný sochař Lukáš Řezníček, který nyní kameny umělecky zpracoval.
Před stavbou prvního kostela, který ještě musel být zasvěcen sv. Janu Křtiteli (Jan nebyl svatořečen), vlastnil rodný dům hrabě František Matyáš ze Šternberka. Toho jezuitský kněz Jiří Plachý Ferus a místní děkan Kašpar Draškovius přivedli na myšlenku vystavět v Nepomuku Janův kostel. Hrabě odkoupil také dva sousední domy, Erasma Šlechty a Jana Nikodema, a roku 1639 započal se stavbou prvního kostela. Vzhledem k původní uliční čáře je kostel situován netradičně na ose jih-sever. Stavba se velmi protáhla, a když donátor navíc zemřel v roce 1648 po zásahu švédskou kulí na Hradčanech, dokončila stavbu jeho manželka, Ludmila Kavková z Říčan. Kostel byl vysvěcen roku 1660. Na místě domků byl zřízen také hřbitov a teprve po dostavění kostela byla zbourána i zeď se zázračnou malbou, aby mohl být hřbitov používán. Takto vypověděl dobový pamětník Pavel Otčenášek v roce 1716. To odpovídá nalezené situaci v roce 2020, protože bývalá hřbitovní zeď je blíže ulice. Nutno zároveň podotknout, že se výpovědi jednotlivých pamětníků té doby v dané věci rozcházejí, někteří kladou zeď blíže k centrálnímu oltáři, jiní více k hlavnímu vchodu kostela. 100 % jistotu tak v dané věci již mít nikdy nebudeme, stejně tak v tom, zda byl rodný domek světce opravdu v této lokalitě, protože středověké záznamy neexistují žádné. S jistotou tak víme jen to, že se světec narodil v Nepomuku – tehdy zvaném Pomuk.
Po požáru v roce 1686 byl kostel sv. Jana Nepomuckého obnoven Václavem Vojtěchem ze Šternberka, dostal například novou kopuli a portál, a současná podoba chrámu je z let 1734–1737, kdy byla stavba zhruba dvojnásobně zvětšena dle projektu slavného barokního architekta Kiliana Ignaze Dientzenhofera.